Vista MARC: Comparación de 3 kits de real time RT-PCR para detección de SARS-CoV-2

Comparación de 3 kits de real time RT-PCR para detección de SARS-CoV-2

El objetivo de este trabajo fue analizar la performance de 3 kits comerciales de real time RT-PCR para la detección de SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos, mediante el criterio de mayoría. Se seleccionaron 100 muestras de ARN informadas en el SISA como detectables (n=50) o no detectabl...

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Detalles Bibliográficos
Autores Principales:	MORÉ, Gastón, TIZZANO, Marco Antonio, RAMBEAUD, Magdalena, PANEI, Carlos Javier, FUENTEALBA, Nadia, ASPITIA, Carolina, BRAVI, Maria Emilia, ORIGLIA, Javier, RUDD GARCÉS, Gabriela, GOLIJOW, Carlos, UNZAGA, Juan Manuel, PECORARO, Marcelo
Formato:	Artículo revista
Lenguaje:	Spanish / Castilian
Publicado:	Universidad Nacional del Litoral 2021
Acceso en línea:	https://bibliotecavirtual.unl.edu.ar/publicaciones/index.php/FAVEveterinaria/article/view/10131

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Los niveles de concordancia fueron de buenos a excelentes; Genefinder y DisCoVery presentaron sensibilidad del 100%, mientras que BGI presentó una sensibilidad menor al 90%. Se analizaron los productos de 10 muestras discordantes o dudosas mediante electroforesis en gel de agarosa. Se confirmaron 3 muestras como falsos negativos del BGI y 5 muestras detectables al DisCoVery se presumen como verdaderos positivos. El uso de los kits DisCoVery y GeneFinder™ se presenta como una excelente opción, con buenos valores de sensibilidad y especificidad. The objective of the present study was to evaluate the diagnostic performance of 3 commercial SARS-CoV-2 real time RT-PCR detection kits on nasopharyngeal swab samples, using the majority criterion. One hundred RNA samples informed as detectable (n=50) and not detectable (n=50) with GeneFinder-COVID-19 Plus RealAmp were selected, and later analyzed with BGI-Real-Time Fluorescent for Detecting SARS-CoV-2 and DisCoVery-SARS-CoV-2 RT-PCR. Agreement between tests was almost perfect; sensitivity was 100% for Genefinder and DisCoVery and less than 90% for BGI. Real time PCR products from 10 discordant samples were further analyzed by agarose gel electrophoresis, confirming 3 false negatives by BGI and suggesting 5 samples as true positives by DisCoVery. The use of DisCoVery and GeneFinder™ appear as an excellent choice with good sensitivity and specificity values. Universidad Nacional del Litoral 2021-07-07 info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/publishedVersion artículo Articulo info:ar-repo/semantics/artículo Comunicación corta Short communication https://bibliotecavirtual.unl.edu.ar/publicaciones/index.php/FAVEveterinaria/article/view/10131 10.14409/favecv.v20iSuppl..10131 FAVE Sección Ciencias Veterinarias; Vol. 20 Núm. Suppl. (2021): FAVE Sección Ciencias Veterinarias - Suplemento; 3-8 FAVE Sección Ciencias Veterinarias; Vol 20 No Suppl. (2021): FAVE Sección Ciencias Veterinarias - Supplement; 3-8 FAVE Sección Ciencias Veterinarias; v. 20 n. Suppl. (2021): FAVE Sección Ciencias Veterinarias - Suplemento; 3-8 2362-5589 1666-938X 10.14409/favecv.v20iSuppl. es info:eu-repo/grantAgreement/EC/FP7/ /ref/Arevalo-Rodriguez I, Buitrago-Garcia D, Simancas-Racines D, Zambrano-Achig P, del Campo R, Ciapponi A, Sued O, Martinez-Garcia L, Rutjes A, Low N, Perez-Molina JA, Zamora J. 2020. False-negative results of initial RT-PCR assays for covid-19: a systematic review. PLoS One 15: e0242958. /ref/Corman VM, Landt O, Kaiser M, Molenkamp R, Meijer A, Chu DKW, Bleicker T, Brünink S, Schneider J, Schmidt ML, Mulders DGJC, Haagmans BL, van der Veer B, van den Brink S, Wijsman L, Goderski G, Romette JL, Ellis J, Zambon M, Peiris M, Goossens H, Reusken C, Koopmans MPG, Drosten C. 2020. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 25: 2000045. /ref/Lu R, Zhao X, Li J, Niu P, Yang B, Wu H, Wang W, Song H, Huang B, Zhu N, Bi Y, Ma X, Zhan F, Wang L, Hu T, Zhou H, Hu Z, Zhou W, Zhao L, Chen J, Meng Y, Wang J, Lin Y, Yuan J, Xie Z, Ma J, Liu WJ, Wang D, Xu W, Holmes EC, Gao GF, Wu G, Chen W, Shi W, Tan W. 2020. Genomic characterization and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet 395: 565-74. /ref/Moore NM, Li H, Schejbal D, Lindsley J, Hayden MK. 2020. Comparison of Two Commercial Molecular Tests and a Laboratory-Developed Modification of the CDC 2019-nCoV Reverse Transcriptase PCR Assay for the Detection of SARS-CoV-2. J. Clin. Microbiol. 58: e00938-20. /ref/Moré G, Panei CJ, Fuentealba N, Aspitia C, Bravi ME, Origlia J, Rambeaud M, Tizzano MA, Rudd Garcés G, Golijow C, Unzaga JM, Pecoraro M. 2020. Resultados del primer bimestre de trabajo de la unidad de diagnóstico COVID-19 de la Facultad de Ciencias Veterinarias-UNLP. Analecta Veterinaria 40: https://doi.org/10.24215/15142590e050 /ref/Ramirez JD, Muñoz M, Hernandez C, Flórez C, Gomez S, Rico A, Pardo L, Barros EC, Paniz-Mondolfi AE. 2020. Genetic Diversity Among SARS-CoV2 Strains in South America may Impact Performance of Molecular Detection. Pathogens 9: 580. /ref/Shi J, Han D, Zhang R, Li J, Zhang R. 2020. Molecular and serological assays for SARS-CoV-2: insights from genome and clinical characteristics. Clin. Chem. 66: 1030-46. /ref/Watson J, Whiting PF, Brush JE. 2020. Interpreting a covid-19 test result. Brit. Med. J. 369: m1808. /ref/Woloshin S, Patel N, Kesselheim AS. 2020. False Negative Tests for SARS-CoV-2 Infection — Challenges and Implications. New Engl. J. Med. 383: e38. /ref/Ye ZW, Yuan S, Yuen KS, Fung SY, Chan CP, Jin DY. 2020. Zoonotic origins of human coronaviruses. Int. J. Biol. Sci. 16: 1686-97. info:eu-repo/semantics/openAccess Derechos de autor 2021 Gastón MORÉ, Marco Antonio TIZZANO, Magdalena RAMBEAUD, Carlos Javier PANEI, Nadia FUENTEALBA, Carolina ASPITIA, Maria Emilia BRAVI, Javier ORIGLIA, Gabriela RUDD GARCÉS, Carlos GOLIJOW, Juan Manuel UNZAGA, Marcelo PECORARO http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0
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