Desarrollo de una aplicación web para la búsqueda y visualización de secuencias biológicas y su estructura secundaria - Vitale, Rosario
Las secuencias biológicas, como el ácido ribonucleico o ARN, participan en muchos procesos biológicos importantes. Son cruciales en los procesos celulares que abarcan la replicación de los genes y la actividad y funciones de las proteínas. Las moléculas de ARN se pliegan sobre sí mismas, formando estructuras que les permiten ejercer sus funciones. Para predecir la estructura secundaria, existen métodos, basados en modelos termodinámicos, programación dinámica y modelos de aprendizaje profundo. Cada uno de ellos tiene su propio algoritmo y su propio código fuente, sin una interfaz unificada de acceso, de visualización ni de comparación de resultados de predicción. Este proyecto final de carrera consiste en el diseño y desarrollo de una aplicación web que permite al usuario, procedente de las ciencias biológicas, ingresar una secuencia de ARN, obtener varias predicciones de estructura secundaria y visualizarlas para comparar y optar por la más confiable para sus desarrollos biotecnológicos. También se brinda la posibilidad de acceder a una base de datos pública con millones de secuencias disponibles y algunas estructuras de referencia obtenidas de forma experimental en laboratorio, para compararlas con las predicciones computacionales obtenidas. Se describe la aplicación desarrollada, se presentan ejemplos de cómo se espera que el usuario la utilice y se evalúa de qué manera se pueden aprovechar mejor los recursos del sistema para que el tiempo de espera sea menor. Además, se desarrolló pensando en la posible incorporación de modelos a futuro, por lo tanto, se describe el proceso necesario para realizar esta incorporación.