Diseño y desarrollo de una herramienta de segmentación automática de cromosomas. - Fenoglio, Sebastián
Se desarrolló una herramienta que permite la segmentación automática de cromosomas con tinción en banda G. Las diferentes partes de la misma se desarrollaron secuencialmente y de forma separada en módulos que luego se integran. Cada uno de ellos fue documentado para facilitar la continuidad del proyecto. En el módulo de pre-procesamiento se utilizaron técnicas de procesamiento de imágenes para eliminación del ruido; entre ellas se puede mencionar la ecualización adaptada de histograma con contraste limitado, el umbral adaptado de Otsu y operaciones morfológicas. A continuación se desarrolló el módulo encargado de la separación de solapamientos mediante un enfoque basado en redes convolucionales profundas. Al no tener datos etiquetados, también se creó una herramienta de generación de solapamientos sintéticos para poder entrenar dichas redes. Luego de diferentes experimentos que varían la complejidad del problema, el modo de creación de datos y las arquitecturas utilizadas, se obtienen los mejores resultados con una red propuesta similar a U-net. El tercer módulo corresponde al post- procesamiento, en el que se exploraron métodos que permiten corregir las máscaras de segmentación obtenido previamente en la separación. Nuevamente , se realizaron distintos experimentos en los que se varía los métodos utilizados y la forma de combinarlos entre sí. Por último, se integraron los módulos y se desarrolló una interfaz de usuario por línea de comandos. Además se probó la herramienta con cromosomas reales, obteniéndose resultados prometedores.