Diseño de un ensayo por PCR para la detección de profagos en lactobacilos probióticos. - Zaburlin, Delfina
La presencia de profagos o remanentes de los mismos en genoma de cepas probióticas constituye un pool de reserva de genes para la generación de nuevos fagos líticos. En este trabajo se planteó el diseño de un ensayo por PCR (reacción en cadena de la polimerasa) que permita detectar profagos (P) y remanentes de fagos virulentos (V) en lactobacilos del grupo casei. Se realizaron alineamientos múltiples de secuencias genómicas disponibles de profagos y fagos virulentos (clasificados en grupos V1 y V2 por homología), a partir de los cuales se diseñaron 10 pares de oligonucleótidos. Las reacciones PCR se llevaron a cabo con los cebadores diseñados sobre cepas de lactobacilos del grupo casei. Los pares 1-4 (P) se diseñaron sobre ORFs (marco abierto de lectura) muy conservados (terminasa, endonuclesa, helicasa), así como los pares 5 y 6 (V1) (terminasa y proteína portal). Para el grupo V2, de menor homología, el diseño de los pares 7-10 se hizo sobre ORFs de función desconocida y regiones no codificantes. El diseño tuvo en cuenta la amplificación sobre la cepa modelo LcA, comercial, secuenciada, lisógena y em pleada como control positivo en los ensayos.